La storia inizia nel lontano 1594 , quando anche le figlie del popolo ebbero non un  monastero di clausura ma un conservatorio, costruito sulle vecchie macerie del monastero di S.Eustachio.

Chiamato conservatorio di S. Maria della pietà , ebbe le sue origini ad opera di un frate cappuccino” Fra Matteo del Cilento “che con i proventi di elemosine e di donazioni acquistò una serie di case e stanze nei rioni sassi di Matera , alcune di proprietà dell’antica chiesa di S.Eustachio . Con la venuta del vescovo Scipione la Tolfa si trasformò in monastero e  vi entrarono venti povere zitelle che  vivevano con i proventi delle elemosine e con i lavori di ricamo e di altre manifatture. Intanto il frate don Pietro Sanità, ricco della città , prendendo a cuore questa pia e santa opera ogni anno dava grano e proventi in denaro aiutando a mantenere economicamente il monastero. Nell’anno 1603 in punta di morte con testamento donò tutti i suoi beni al conservatorio, l’ammontare fu di circa venticinquemila ducati suddivisi in mobili, immobili ,terreni nell’agro di Laterza e Miglionico e denaro liquido. Il conservatorio con tanta ricchezza acquisì le tenute di “Gravina di Timmari”  , “Torre Noia” e un fondo della gravina nella zona della Martella costruendo una struttura agricola di grande importanza nota come la” masseria delle Monacelle” acquistata poi nel 1849 dalla famiglia Giudicepietro.

Nel frattempo iniziarono ad entrare nel conservatorio monache di buona famiglia, ragazze nobili dove i genitori acquistavano delle stanze per poter vivere insieme  alle altre educande fino ad arrivare ad un numero di cento. Però nonostante tale ricchezze con gli anni la situazione economica diventava sempre più precaria poiché il prete Pietro Sanità nel testamento mise la clausola che tutte le discendenti della famiglia Sanità e Spinazzola avrebbero dimorato nel conservatorio con trenta zitelle senza pagare la dote annuale mentre le donne che volevano entrare nel monastero avrebbero pagato una dote di duecentocinquanta ducati. Questa grave situazione determinò la vendita di tutte le proprietà del Sanità  come anche i terreni tanto che il conservatorio cadde in miseria.Allora fu convocato il sacro consiglio che per evitare altre vendite decise di aumentare  le rette annuali da duecentocinquanta ducati a trecento ducati e togliere  il privilegio dei famigliari del Sanità e degli Spinazzola .Questa nuova situazione fece aumentare il numero di monache nel conservatorio che oltre la retta portavano in dote oro,argento e molti contanti, altre entrate si avevano dalle masserie che producevano prodotti della pastorizia e della campagna , contribuivano al sostegno anche le manifatture artigianali di prodotti nell’interno del conservatorio .

La nuova situazione economica permise al conservatorio nel 1647 di ammodernare la chiesetta annessa al conservatorio ornandola di dipinti e nuovi arredi. Nel 1730 venne edificata la nuova chiesa, ampliata occupando parte della pubblica via e fu aperta una porta dall’esterno, l’interno fu abbellito di altari in marmo e oro dono dei frati benedettini di Montescaglioso, mentre nel 1786 fu ornata di paramenti sacri, calici di argento e oro, candelieri e campane sul campanile.

In origine il nome della chiesa dedicata a S. Maria della Pietà fu in seguito dedicato a S.Giuseppe nome che ancora adesso fa riferimento alla chiesa.

Nel 1731 il monastero dell’Annunziata vende al conservatorio la chiesa di S. Eustachio ormai diruta a causa dei terremoti.Questa chiesa fu inaugurata nel 1082 opera dell’architetto Leonardo Saraceno.Chiesa a tre navate,la navata centrale più alta delle altre era sorretta da tre coppie di colonne di granito grigio e terminava con una cupola portata da quattro pilastri a base quadrangolare.Dietro l’altare campeggiava l’immagine di S.Benedetto,sotto la cupola si trovava la cripta esempio di architettura bizantina. Questa chiesa era collegata con il vicino monastero dell’Annunziata con un ponte sulla strada per permettere alle suore di clausura di accedervi senza essere viste.

L’attività del conservatorio continuò fino all’unità d’Italia dove con le leggi eversive del 1866 tutti i beni ecclesiastici e laici passarono allo stato.Con la legge Crispi il conservatorio divenne c0ngregazione di carità dove venivano accolte le fanciulle povere della città ed istruite fino ai ventun anni di età, la gestione rimaneva sempre alla congregazione di carità con una direttrice laica mentre le suore erano governate da una superiora scelta dalla congregazione della famiglia carità e occupavano una piccola parte del conservatorio.

All’inizio del novecento il conservatorio fu adibito a orfanotrofio femminile gestito dall’E.C.A. e diretto dalle suore riparatrici del sacro cuore.In seguito fu istituita una scuola elementare e materna e queste attività continuarono fino alla soppressione degli enti di beneficenza, alla fine degli anni settanta.

Le ultime suore rimaste furono trasferite ad altra sede, la scuola chiuse e il conservatorio rimase chiuso fino al 1998 quando si realizza il progetto di restauro e di rifunzionalizzazione dell’intero complesso che oggi è sede della Fondazione Le Monacelle.